Ernesto Halffter est né le 16 janvier 1905 à Madrid. Autodidacte jusqu’à 18 ans, il compose, dès l’âge de 6 ans, sa première œuvre Le coucou, petite pièce pour piano et, entre 1920/1921, ses Crepúsculos, trois pièces lyriques pour piano, dont la première en 1922 attire l’attention du milieu musical et constitue son premier ouvrage reconnu comme important. En 1923, son Quatuor à cordes, sa Sonatina Fantasía, aussi pour quatuor à cordes, ainsi que ses Esquisses Symphoniques, réaffirment sa notoriété précoce.
En 1923, le musicologue et critique espagnol Adolfo Salazar présente le jeune Halffter à Manuel de Falla. Profondément troublé par la qualité des œuvres du jeune compositeur, notamment par Hommages, petite suite pour trio, œuvre pour laquelle le Maître inscrira un “bravo” sur l’une des pages du manuscrit, Manuel de Falla décide de le prendre, à titre exceptionnel, comme disciple, pour compléter son éducation musicale. L’année suivante, Manuel de Falla lui confie la direction de l’Orchestre Bética de Cámara à Séville qu’il vient de fonder et dont Halffter sera le chef d’orchestre attitré jusqu’à sa dissolution.
En 1925, la Sinfonietta, primée au Concours d’État espagnol de cette même année, marque la consécration de l’auteur au niveau international.
À partir de ce moment, Halffter poursuit à Paris ses études musicales avec Maurice Ravel et divulgue la musique espagnole et moderne avec son orchestre ou des orchestres étrangers comme notamment, en 1927 à Paris, la première représentation de L’Amour sorcier de Manuel de Falla avec la compagnie de ballets espagnols de Madame Argentina (Antonia Mercé), qui danse également, en première en 1928 et toujours à Paris, son ballet Sonatina.
Dans les années 1930, Ernesto Halffter poursuit simultanément ses activités de compositeur et de chef d’orchestre. À cette période appartiennent ses œuvres pour piano Sonata (1934), Espagnolade, (1937) et, pour violoncelle et piano (1934), Canzone e Pastorella. En 1934, Halffter est nommé directeur du Conservatoire de musique de Séville.
Résidant à Lisbonne de 1935 à 1954 et nommé professeur à l’Institut espagnol de cette capitale, il compose sa Rapsodie portugaise en 1939, dédiée à la mémoire de Maurice Ravel, des chansons basées sur des mélodies populaires portugaises, des œuvres pour piano Plainte pour Ricardo Viñes (1943), Pregón (1945), Habanera (1945), Fantaisie espagnole pour violoncelle et piano (1952), ainsi que la musique de plusieurs films.
Entre 1957 et 1976, à la demande des héritiers de Manuel de Falla, Halffter se consacre de façon intermittente à terminer la cantate Atlántida laissée inachevée par Manuel de Falla, lors de son décès en 1946. Il confirme par ce travail être le seul élève authentique de Manuel de Falla dont il avait déjà auparavant orchestré les Sept chansons populaires espagnoles. Durant ces années, il compose de la musique religieuse: Canticum in P.P. Johannem XXIII (1964), Canticum elegiacum in memoriam Pierre de Polignac Praeclarissimi Principis (1966), Psaumes (1967), un Concerto pour guitare et orchestre (1969) et reçoit en 1983, pour la seconde fois, le Prix national de musique de l’Espagne.
Pendant ses dernières années, il écrit des œuvres pour piano : sonate Hommage à Domenico Scarlatti (1985), Nocturne automnal, en hommage à Arthur Rubinstein (1987), ses Hommages — à Federico Mompou, Joaquín Turina et son frère Rodolfo Halffter (1988) — et reste actif jusqu’à l’année de son décès, en 1989.