Né à Mexico le 10 avril 1943. Ses parents, exilés politiques espagnols, résident au Mexique depuis 1941.
Estrada a étudié la composition au Mexique avec Julián Orbón. En Europe, il a été élève de Nadia Boulanger, Messiaen et J.-E. Marie, et a suivi des cours de Xenakis, Stockhausen et Ligeti.
Professeur et chercheur invité des universités de Stanford, San Diego et New Mexico, il a également enseigné au Brésil, en Espagne, en Italie et en Allemagne. Il est membre de l’Institut d’Esthétiques ainsi que professeur de l’Ecole de Musique de l’Université du Mexique.
Estrada a écrit plus d’une centaine d’articles, publiés au Mexique, aux Etats-Unis, en Europe et au Japon. Plusieurs ouvrages synthétisent la diversité de ses recherches. Il prépare actuellement Otra música, livre parlant de l’originalité des musiques indigènes. Il est également l’auteur de nouvelles de science-fiction musicale.
Ses recherches de méthodes compositionnelles se basent sur l’analyse systématique de l’imaginaire, point de départ à un système musical autonome : « Les techniques et théories que j’ai développées, fondées sur les mathématiques ou l'acoustique, doivent être suffisamment neutres pour mieux servir la description de l'imaginaire : ma musique n’est née que de mon ouïe – là, tout est permis –. Cela exige une représentation précise, voire phonographique, de chaque détail appartenant à l'audition vécue intérieurement.»
La musique d'Estrada a été présentée dans de nombreux festivals, aux Amériques, en Europe et au Japon, par des interprètes prestigieux tels que les Percussions de Strasbourg, Fátima Miranda, Barbara Maurer, Velia Nieto, Stefano Scodanibbio ou le Quatuor Arditti. En 1992 son projet d’opéra Pedro Páramo gagne à l’unanimité le concours du CDMC de Madrid et de Radio2 Espagne et le Jury du Prix de Composition Prince Pierre de Monaco décerne une mention spéciale pour ishini’ioni : « d’une écriture très originale, qui renouvelle audacieusement l’une des plus vieilles combinaisons instrumentales ».
Sa musique est publiée par Salabert / Universal Classical Music.